তার সহকর্মীসূত্রে জানা গেছে, জাফর আহম্মদ খান একটি বেসরকারি হাসপাতালে চিকিৎসাধীন ছিলেন। পরে আইসিইউর প্রয়োজন পড়লে তাকে সরকারি কর্মচারী হাসপাতালে নেওয়া হয়। সেখানে আইসিইউতে চিকিৎসাধীন অবস্থায় মারা গেছেন। তিনি স্ত্রী, এক ছেলে ও এক মেয়ে রেখে গেছেন। তার বাড়ি বরিশালে। সেখানেই তাকে দাফন করা হবে।
এদিকে, যুগ্ম সচিব জাফর আহমেদ খানের মৃত্যুতে গভীর শোক ও দুঃখ প্রকাশ করেছেন পরিকল্পনামন্ত্রী এম এ মান্নান। এক বার্তায় তিনি মরহুমের বিদেহী আত্মার মাগফেরাত কামনা করেন এবং শোকসন্তপ্ত পরিবারের প্রতি সমবেদনা জানান।